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法蘭西斯科二世·埃斯特(義大利語:Francesco II d'Este,1660年3月6日—1694年9月6日),摩德納公爵,1662年至1694年在位。
1692年,法蘭西斯科與帕爾馬公爵拉努喬二世的女兒瑪格麗塔·瑪麗亞(英语:Margherita Maria Farnese)結婚,兩人沒有子女。1694年法蘭西斯科去世,叔叔里納爾多繼位為摩德納公爵。