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Linux和Microsoft Windows的一个主要区别就是Linux是自由軟體，而Windows是封闭软件。除此以外，还有下列诸多区别。
系統架構
Linux的原始碼級別的可定製性：可滿足用戶對高性能、高效率或界面等涉及用戶體驗的方面高度的需求。 Windows的封閉特性導致了架構的不透明，普遍被認為是一種混合核心型的作業系統，部分圖形界面的程式碼處在核心狀態運行，因此Windows圖形界面的反應速度上要高於GNU/Linux，但也因此使圖形界面的錯誤有可能導致整個系統故障。
安全属性
相对于Windows内核的封闭，Linux内核源代码的开放让漏洞很容易被发现。
 | 此條目需要擴充。 (2010年2月7日) |
學習和使用
| 比較 | Windows | Linux |
|---|---|---|
| 界面 | 界面統一，外殼程式固定,所有Windows程式選單幾乎一致，快捷鍵也幾乎相同 | 圖形界面風格依發行版不同而不同，可能互不相容。GNU/Linux的終端機是從UNIX傳承下來，基本命令和操作方法也幾乎一致。 |
| 驅動程式 | 驅動程式豐富，版本更新頻繁。預設安裝程式裡面一般包含有該版本發行時流行的硬體驅動程式，之後所出的新硬體驅動依賴於硬體廠商提供。對於一些老硬體，如果沒有了原配的驅動有時很難支援。另外，有時硬體廠商未提供所需版本的Windows下的驅動，也會比較頭痛。 | 由志願者開發，由Linux核心開發小組發佈，很多硬體廠商基於版權考慮並未提供驅動程式，尽管多数无需手动安装，但是涉及安裝则相對複雜，使得新用戶面對驅動程式问题（是否存在和安装方法）會一籌莫展。但是在開源開發模式下，許多老硬體儘管在Windows下很難支援的也容易找到驅動。HP、Intel、AMD等硬體廠商逐步不同程度支援開源驅動，問題正在得到緩解。 |
| 使用 | 使用比較簡單，容易入門。圖形化界面對沒有電腦背景知識的用戶使用十分有利。 | 圖形界面使用簡單，容易入門。命令行界面，需要学习才能掌握。 |
| 學習 | 系統構造複雜、變化頻繁，且知識、技能淘汰快，深入學習困難。 | 系統構造簡單、穩定，且知識、技能傳承性好，深入學習相对容易。 |
| 軟體 | 每一種特定功能可能都需要商業軟體的支持，需要購買相應的授權。 | 大部分軟體都可以自由獲取，同樣功能的軟體選擇较少。 |
帶有研究學習性質的個人和團體，因為授權協議的不同，Windows的學習和引用的門檻更高，但是现有资源支援更为广泛；Linux则是基于网络，轻易获取最新资源。
軟體種類
Windows以商業軟體為主，Linux則以自由軟體為主。由於大多數人缺乏使用自由軟體的習慣，使得“找不到相應的應用軟體”成為Windows用戶轉換至Linux平台的一大阻力。
因為Linux使用者不多，所以遊戲軟體公司選擇以使用者壓倒性勝利的Windows作為開發平台，除了少數願意製作兩種作業系統都能使用的遊戲公司外，Linux能執行的遊戲軟體不多而且很少有能跟Windows匹敵的遊戲。但是，这一局面随着威尔乌（Valve）开发SteamOS而有所缓解，一些3A大作，例如XCOM 2以及Dota 2专门开发了Linux版。Vulkan (API)的开发使得在Linux上实现高效的游戏画面渲染成为了可能。
多語系支援
早期的Windows系統無法解決多語言問題，因此針對每一種語言都要發行新的版本才能支援當地語言和使用此語言的軟體。例如在英文系統上安裝中文軟體就會出現顯示異常的現象，在中文系統上安裝日语軟體同樣會出現顯示不完全的問題。
從Windows 2000開始，Windows系統開始支援Unicode編碼以及同時支援多個國家的不同語言軟體。但是在支援西方語言和中文時仍然可以見到軟體亂碼的問題。
Linux在解決多語言問題方面比Windows做得要好。在Linux系統中主要存在的問題是在本地化不徹底，因为更新特别迅速，需要志愿者长时间维护，經常可以發現在中文發行版的Linux中出現個別選單或者選項為英文等情況。相對於Windows系統必須先安裝語言包隨後通過設置並重新啟動以支援非本地語言版軟體，Linux只要修改一個環境變量就可以改變選單顯示語言，這樣甚至可以強制以指定的語言來執行特定應用程式而無須更改系統設置。
Unicode支援
Linux和Windows都可以支援Unicode編碼，但是Linux顯示多多少少還是有問題。特別是中文字體上，因為自由的高品質中文字體較少，Linux需要大量偵錯才可以完美顯示中文。隨著文泉驛、cwTeX開源中文字體、思源黑體計劃的進展，這個問題也在緩解。