
![]() | |
原作者 | Wes McKinney |
---|---|
開發者 | 社区 |
首次发布 | 2008年1月11日 |
当前版本 | 2.2.3[1]![]() |
源代码库 | |
编程语言 | Python, Cython, C |
操作系统 | 跨平台 |
类型 | 数据分析 |
许可协议 | 三条款BSD许可证 |
网站 | pandas |
在计算机编程中,pandas是用于数据操纵和分析的Python软件库。它建造在NumPy基础上,并为操纵数值表格和时间序列,提供了数据结构和运算操作。它是在三条款BSD许可证下发行的自由软件[2]。它的名字衍生自术语“面板数据”(panel data),这是计量经济学的术语,即包括了对同一个体在某个时期内多个时间点的观测的数据集[3]。它的名字还可解释为对短语“Python data analysis”的玩笑[4]。
历史
2008年,原作者Wes McKinney开始在AQR资本管理公司制作pandas,用来满足在财务数据上进行定量分析时,对高性能、灵活工具的需要。2009年,他在离开AQR之前,说服管理者允许他将这个软件库开放源代码。下面是其开发过程的时间线[5]:
- 2008年,pandas開發開始。
- 2009年,pandas開源。
- 2012年,另一个AQR雇员Chang She加入了这个项目,并成为这个软件库的第二个主要贡献者。第一版《Python for Data Analysis》發布。
- 2015年,pandas签约为NumFOCUS的一个财务赞助项目,NumFOCUS是美国的501(c)(3)非营利公益组织。
- 2018年,举行了第一次面對面的“核心開發者衝刺”。
- 2022年,第三版《Python for Data Analysis》公开版在线发行[6]。
数据模型
pandas的序列(Series
)是一维的加标签数据结构,它能够持有任何数据类型,如整数、字符串、浮点数和Python对象等,轴标签在集体上称为索引(index
)。序列表现得非常类似于NumPy的ndarray
数据结构,并且是大多数NumPy函数的有效实际参数。
pandas提供了类似于R语言中data.frame
对象的数据帧(DataFrame
),它是二维的加标签数据结构,其诸纵列潜在的可能具有不同的类型;数据帧就像是电子表格或SQL表,或者是序列的字典[7],这种格局也叫做数组之结构(SoA)。pandas允许各种数据操纵运算操作,比如选择[8]、归并[9]和重制形状[10],还有数据清洗和数据加工特征。
主要特征
pandas提供了快速而高效的数据帧对象,用于凭借其集成的索引进行数据操纵。它的主要特征有:
- 易于将在其他的Python和NumPy数据结构中,参差不齐或不同索引的数据,转换成数据帧对象。
- 大小可变性,可以在数据帧和更高维对象中插入或删除纵列。
- 自动和显式的“数据对齐”,标签和数据之间的联系是固有的,但是可以显式的控制二元运算的匹配和广播行为[11]。两个序列对象按标签自动对齐,两个数据帧对象自动对齐于纵列标签和索引(即横行标签)二者上,二元运算的结果对象具有双方的纵列标签和横行标签的并集;数据帧与序列对象之间的默认行为,是序列的索引自动对齐于数据帧的纵列标签,从而纵向逐横行广播[12]。
- 易于处理缺失数据,它被表示为用于浮点数的
NaN
(即NumPy的nan
)、用于日期时间的NaT
或跨数据类型的NA
[13]。 - 智能的对大数据集的基于标签的分片,多重索引和其他花样索引,依据布尔值向量的子集化。
- 直观的数据集的归并和连接。
- 强大而灵活的分组(
groupby
)功能,用来在数据集上进行分离-应用-合并(split-apply-combine)运算,它可用于数据聚合和变换二者。 - 灵活的数据集的重制形状(reshape)和枢轴汇总。
- 轴可以有层级标签,从而在绘图时每个刻度可能有多重标签。
- 健壮的I/O工具,用于从CSV文件和其他平面文件、JSON文件、Parquet文件、Arrow的Feather文件、SQL表和查询、Excel文件装载数据,并以极快的HDF5格式保存/装载数据。[14]
- 特定于时间序列的功能,例如日期范围生成和频率转换,移动窗口统计比如移动平均,日期移位和滞后。
pandas经过了高度的性能优化,关键代码路径用Cython或C语言写成。pandas可以利用PyArrow来扩展功能并增进各种API的性能[15]。pandas的缺省绘图后端是matplotlib,还可以扩展上其他第三方绘图后端[16],比如Plotly Express[17]。 进程内SQL OLAP列式数据库DuckDB,可以在pandas数据帧上执行SQL[18]。
示例
基本运算
>>> import pandas as pd
>>> import numpy as np
>>> import matplotlib.pyplot as plt
>>>
>>> data = {
... 'place': ['A']*3 + ['B']*3 + ['C']*3 + ['D']*3,
... 'date': pd.to_datetime(['2023-01-01', '2023-01-02', '2023-01-03'] * 4),
... 'value': [x + 0.1 for x in range(12)]
... }
>>>
>>> df = pd.DataFrame(data)
>>> type(df['value']) == pd.Series
True
>>>
>>> df['value1'] = df['value'] + 0.1
>>> df
place date value value1
0 A 2023-01-01 0.1 0.2
1 A 2023-01-02 1.1 1.2
2 A 2023-01-03 2.1 2.2
3 B 2023-01-01 3.1 3.2
4 B 2023-01-02 4.1 4.2
5 B 2023-01-03 5.1 5.2
6 C 2023-01-01 6.1 6.2
7 C 2023-01-02 7.1 7.2
8 C 2023-01-03 8.1 8.2
9 D 2023-01-01 9.1 9.2
10 D 2023-01-02 10.1 10.2
11 D 2023-01-03 11.1 11.2
>>>
>>> df.index
RangeIndex(start=0, stop=12, step=1)
>>>
>>> df.columns
Index(['place', 'date', 'value', 'value1'], dtype='object')
>>>
>>> df.loc[[1, 2], ['value', 'value1']]
value value1
1 1.1 1.2
2 2.1 2.2
>>>
>>> df.at[1, 'value']
1.1
>>>
>>> df['value'].loc[1]
1.1
>>>
>>> df[['value','value1']].to_numpy().mean().round(2)
np.float64(5.65)
>>> df[['value','value1']].to_numpy().mean(axis=0)
array([5.6, 5.7])
>>> df[['value','value1']].to_numpy().mean(axis=1)
array([ 0.15, 1.15, 2.15, 3.15, 4.15, 5.15, 6.15, 7.15, 8.15,
9.15, 10.15, 11.15])
>>>
>>> df[(df['value']/2 > 1) & (df['value1'] < 3)]
place date value value1
2 A 2023-01-03 2.1 2.2
>>>
>>> df.query('value/2 > 1 & value1 < 3')
place date value value1
2 A 2023-01-03 2.1 2.2
>>>
>>> df[df['value'] == 1.1]['value1'].round(2).item()
1.2
>>>
数据帧格式
数据帧中的数据经常存储为两种格式:堆叠(stack)格式或记录(record)格式。在堆叠格式中,针对每个主题(subject)在适用情况下有多个横行,故而也称为“长”格式。在记录格式中,针对每个主题典型地有一个横行,故而也称为“宽”格式。在这个例子中,如果要对纵列'place'
标识出的每个唯一的变量('A', 'B', 'C', 'D'
)进行时间序列运算,更好的表示形式为:诸纵列都对应唯一的变量,即对应不同的观测地点或观测者,而日期索引('date'
)标识出每个(不可细分的)个体观测。为此使用pivot()
,将数据帧从堆叠格式重制形状为记录格式:
>>> df.drop([0, 4, 8]).pivot(index='date', columns='place')
value value1
place A B C D A B C D
date
2023-01-01 NaN 3.1 6.1 9.1 NaN 3.2 6.2 9.2
2023-01-02 1.1 NaN 7.1 10.1 1.2 NaN 7.2 10.2
2023-01-03 2.1 5.1 NaN 11.1 2.2 5.2 NaN 11.2
>>>
这里删除了三个横行展示了NaN
被用来表示缺失数据。这里在pivot()
的输入数据帧的诸纵列中,通过index
参数指定了用作索引的纵列('date'
),通过columns
参数指定了用作变量的纵列('place'
),但没有通过指定values
参数于多个值纵列('value', 'value1'
)里选取其中之一,故而结果数据帧的诸纵列被纳入层级式索引(即多重索引MultiIndex
),其最顶层指示出各自的值纵列,即依据观测量的不同而进行顶层分组。
串接运算
使用concat()
对数据帧进行串接运算:
>>> df1 = df.drop(columns='value').rename(columns={'value1': 'value'})
>>> df1 = pd.concat([df.drop(columns='value1'), df1], ignore_index=True)
>>> df1.shape
(24, 3)
>>>
>>> data1 = [
... ('A', pd.to_datetime('2023-01-01'), 0.3),
... ('A', pd.to_datetime('2023-01-02'), 1.3)
... ]
>>>
>>> new_rows = pd.DataFrame(data1, columns=['place', 'date', 'value'])
>>> pd.concat([df1, new_rows], ignore_index=True).tail(3)
place date value
23 D 2023-01-03 11.2
24 A 2023-01-01 0.3
25 A 2023-01-02 1.3
>>>
>>> df_A = df1[df1['place']=='A'].drop(columns='place')
>>> df_A
date value
0 2023-01-01 0.1
1 2023-01-02 1.1
2 2023-01-03 2.1
12 2023-01-01 0.2
13 2023-01-02 1.2
14 2023-01-03 2.2
>>>
>>> df_B = df1[df1['place']=='B'].drop(columns='place')
>>> df_C = df1[df1['place']=='C'].drop(columns='place')
>>> df_D = df1[df1['place']=='D'].drop(columns='place')
>>> df1 = pd.concat([df_A, df_B, df_C, df_D], keys=['A', 'B', 'C', 'D']) \
... .droplevel(1).rename_axis('place').reset_index()
>>>
分组聚合运算
使用groupby()
和紧随其后的agg()
,对数据帧进行分组并聚合运算:
>>> df2 = df1.groupby(['date', 'place']).agg({'value': 'sum'})
>>> df2
value
date place
2023-01-01 A 0.3
B 6.3
C 12.3
D 18.3
2023-01-02 A 2.3
B 8.3
C 14.3
D 20.3
2023-01-03 A 4.3
B 10.3
C 16.3
D 22.3
>>>
>>> df2.reorder_levels(['place', 'date']).sort_index()
value
place date
A 2023-01-01 0.3
2023-01-02 2.3
2023-01-03 4.3
B 2023-01-01 6.3
2023-01-02 8.3
2023-01-03 10.3
C 2023-01-01 12.3
2023-01-02 14.3
2023-01-03 16.3
D 2023-01-01 18.3
2023-01-02 20.3
2023-01-03 22.3
>>>
>>> df2.shape
(12, 1)
>>>
>>> df2.index
MultiIndex([('2023-01-01', 'A'),
('2023-01-01', 'B'),
('2023-01-01', 'C'),
('2023-01-01', 'D'),
('2023-01-02', 'A'),
('2023-01-02', 'B'),
('2023-01-02', 'C'),
('2023-01-02', 'D'),
('2023-01-03', 'A'),
('2023-01-03', 'B'),
('2023-01-03', 'C'),
('2023-01-03', 'D')],
names=['date', 'place'])
>>>
>>> df2.columns
Index(['value'], dtype='object')
>>>
>>> df2.loc[('2023-01-02', 'A')]
value 2.3
Name: (2023-01-02 00:00:00, A), dtype: float64
>>>
>>> df2.loc['2023-01-02']
value
place
A 2.3
B 8.3
C 14.3
D 20.3
>>>
>>> df2.xs('A', level='place')
value
date
2023-01-01 0.3
2023-01-02 2.3
2023-01-03 4.3
>>>
枢轴聚合运算
使用pivot_table()
,对数据帧进行枢轴聚合运算:
>>> df3 = df1.pivot_table(index='date', columns='place', aggfunc='sum')
>>> df3
value
place A B C D
date
2023-01-01 0.3 6.3 12.3 18.3
2023-01-02 2.3 8.3 14.3 20.3
2023-01-03 4.3 10.3 16.3 22.3
>>>
>>> df3.shape
(3, 4)
>>>
>>> df3.to_numpy()
array([[ 0.3, 6.3, 12.3, 18.3],
[ 2.3, 8.3, 14.3, 20.3],
[ 4.3, 10.3, 16.3, 22.3]])
>>>
>>> df3.index
DatetimeIndex(['2023-01-01', '2023-01-02', '2023-01-03'], dtype='datetime64[ns]', name='date', freq=None)
>>>
>>> df3.columns
MultiIndex([('value', 'A'),
('value', 'B'),
('value', 'C'),
('value', 'D')],
names=[None, 'place'])
>>>
>>> df1.pivot_table(index='date', columns='place', values='value', aggfunc='sum').columns
Index(['A', 'B', 'C', 'D'], dtype='object', name='place')
>>>
>>> df3['value'].columns
Index(['A', 'B', 'C', 'D'], dtype='object', name='place')
>>>
>>> df3[('value', 'A')]
date
2023-01-01 0.3
2023-01-02 2.3
2023-01-03 4.3
Name: (value, A), dtype: float64
>>>
>>> df3.stack().shape
(12, 1)
>>> df2.unstack().shape
(3, 4)
>>>
归并运算
使用merge()
,对数据帧进行归并运算:
>>> sr_A = df3[('value', 'A')]
>>> sr_B = df3[('value', 'B')]
>>> sr_C = df3[('value', 'C')]
>>> sr_D = df3[('value', 'D')]
>>> merge_date = lambda x, y: pd.merge(x, y, on='date')
>>> df3 = merge_date(merge_date(sr_A, sr_B), merge_date(sr_C, sr_D)) \
... .rename_axis([None, 'place'], axis=1)
>>>
>>> pd.merge(df_A, df_B.drop('2023-01-02'), on='date')
value
A B
date
2023-01-01 0.3 6.3
2023-01-03 4.3 10.3
>>>
>>> pd.merge(df_A, df_B.drop('2023-01-02'), on='date', how='left')
value
A B
date
2023-01-01 0.3 6.3
2023-01-02 2.3 NaN
2023-01-03 4.3 10.3
>>>
绘图输出

用matplotlib为数据帧绘制条形图:
>>> df_axis0, df_axis1 = df3.shape
>>> df_columns = df3.to_dict(orient='list')
>>> df_index = df3.index.to_list()
>>> x = np.arange(df_axis0)
>>> width = 1/(df_axis1 + 1)
>>> mult = 0
>>>
>>> fig, ax = plt.subplots(layout='constrained')
>>> for name, value in df_columns.items():
... offset = width * mult
... rects = ax.bar(x + offset, value, width, label=name[1])
... ax.bar_label(rects, padding=3)
... mult += 1
...
[Text(0, 3, '0.3'), Text(0, 3, '2.3'), Text(0, 3, '4.3')]
[Text(0, 3, '6.3'), Text(0, 3, '8.3'), Text(0, 3, '10.3')]
[Text(0, 3, '12.3'), Text(0, 3, '14.3'), Text(0, 3, '16.3')]
[Text(0, 3, '18.3'), Text(0, 3, '20.3'), Text(0, 3, '22.3')]
>>> ax.set_xticks(x + width*(df_axis1 - 1)/2,
... [x.strftime('%Y-%m-%d') for x in df_index])
[<matplotlib.axis.XTick object at 0x7bb6925408f0>, <matplotlib.axis.XTick object at 0x7bb692541700>, <matplotlib.axis.XTick object at 0x7bb6925421e0>]
>>> ax.legend()
<matplotlib.legend.Legend object at 0x7bb696123aa0>
>>> ax.grid(axis='y', linestyle=':')
>>> ax.set_axisbelow(True)
>>> plt.show()
>>>
CSV文件操作
导出和导入CSV文件:
>>> df2.to_csv('dftest.csv', float_format='%.1f')
>>>
>>> df4 = pd.read_csv('dftest.csv', index_col=[0,1])
>>> df4.shape
(12, 1)
在不指定header
参数即采用其缺省值之时,从导入文件标头即第一横行推导出数据的纵列名字。在导入文件时采用index_col
参数,指定用作索引即横行标签的纵列。在标头的纵列数大于数据记录的纵列数之时,标头末位多出的纵列被设置为NaN
;在标头的纵列数小于数据记录的纵列数之时,数据记录首位多出的纵列被用作索引;在标头的纵列数等于数据记录的纵列数,并且未指定索引列之时,则自动增加默认的没有名字的范围索引作为索引;在标头的纵列数等于数据记录的纵列数,并且已指定索引列之时,采用指定纵列作为索引。
在导入文件时可以通过usecols
参数指定选用的纵列子集。如果所导入的文件没有标头,则需要指定header=None
,还可以使用names
参数,为导入数据指定纵列名字。如果所导入的文件有标头,并且要使用names
参数指定替代它的纵列名字,则需要同时指定header=0
。在导出文件时索引总是被导出的,可以使用index_label
参数,为没有名字的索引纵列补充指定其名字。在导入pandas所导出的文件之时,需要指定索引列来避免再次自动增加缺省索引。
当数据帧是记录格式,故而columns
方向采用了多重索引之时,所导出的CSV文件的标头有多个横行,以这里的数据帧df3
为例,在导入它之时需要指定header=[0, 1]
和index_col=0
,但不能同时使用usecols
或names
参数:
>>> df3.to_csv('dftest.csv', float_format='%.1f')
>>>
>>> df4 = pd.read_csv('dftest.csv', header=[0, 1], index_col=0)
>>> df4.shape
(3, 4)
使用util-linux工具组成员column
来查看导出的CSV文件:
$ cat dftest.csv | column -s, -o, -t
,value,value,value,value
place ,A ,B ,C ,D
date , , , ,
2023-01-01,0.3 ,6.3 ,12.3 ,18.3
2023-01-02,2.3 ,8.3 ,14.3 ,20.3
2023-01-03,4.3 ,10.3 ,16.3 ,22.3
这里的前两横行的除了第一纵列之外的纵列,指定多层索引的纵列名字为[('value', 'A'), ('value', 'B'), ('value', 'C'), ('value', 'D')]
。第一纵列的前两单元,指定了诸纵列columns
的多重索引自身的名字列表为[None, 'place']
,而第一纵列的第三单元,指定了索引index
的日期时间索引自身的名字为'date'
。
JSON文件操作
导出和导入JSON文件:
>>> df3.to_json('dftest.json', orient='index', date_format='iso', date_unit='s')
>>>
>>> df4 = pd.read_json('dftest.json', orient='index')
>>> df4.shape
(3, 4)
>>>
>>> df4.columns
Index(['('value', 'A')', '('value', 'B')', '('value', 'C')', '('value', 'D')'], dtype='object')
>>>
>>> df4.columns = pd.MultiIndex.from_tuples([eval(x) for x in df4.columns])
>>> df4.columns.names = [None, 'place']
>>> df4.index.name = 'date'
这里指定了orient
(方向)为'index'
(索引),即采用横行为主次序;这里指定了日期时间格式为ISO 8601标准格式,并且指定了时间单位为秒。JSON对象的键只能是字符串,在导出为JSON文件之时,元组被转换成字符串;而在导入它之时,需要通过eval()
将其再转换为元组。
$ cat dftest.json | jq
{
"2023-01-01T00:00:00": {
"('value', 'A')": 0.3,
"('value', 'B')": 6.3,
"('value', 'C')": 12.3,
"('value', 'D')": 18.3
},
"2023-01-02T00:00:00": {
"('value', 'A')": 2.3,
"('value', 'B')": 8.3,
"('value', 'C')": 14.3,
"('value', 'D')": 20.3
},
"2023-01-03T00:00:00": {
"('value', 'A')": 4.3,
"('value', 'B')": 10.3,
"('value', 'C')": 16.3,
"('value', 'D')": 22.3
}
}
在导出的数据中,不包含诸纵列columns
的多重索引自身的名字列表即[None, 'place']
,不包含索引index
自身的名字即'date'
。
HDF5文件操作
>>> df3.to_hdf('dftest.h5', key='df3', mode='w')
>>> df.to_hdf('dftest.h5', key='df', mode='a')
>>>
>>> df4 = pd.read_hdf('dftest.h5', key='df3')
>>> df4.shape
(3, 4)
这里通过键(key
)参数,指定了与数据帧相对应的在HDF5文件中的群组(Group),对它采用了缺省的'fixed'
(固定)存储格式。文件打开模态'w'
是为“写”(write)即“新建”,而打开模态'a'
是为“附加”(append)。
使用hdf5-tools
工具组成员h5ls
来查看导出的HDF5文件:
$ h5ls dftest.h5
df Group
df3 Group
$ h5ls -r -d dftest.h5/df3
/axis0_label0 Dataset {4}
Data:
0, 0, 0, 0
/axis0_label1 Dataset {4}
Data:
0, 1, 2, 3
/axis0_level0 Dataset {1}
Data:
"value"
/axis0_level1 Dataset {4}
Data:
"A", "B", "C", "D"
/axis1 Dataset {3}
Data:
1672531200000000000, 1672617600000000000, 1672704000000000000
/block0_items_label0 Dataset {4}
Data:
0, 0, 0, 0
/block0_items_label1 Dataset {4}
Data:
0, 1, 2, 3
/block0_items_level0 Dataset {1}
Data:
"value"
/block0_items_level1 Dataset {4}
Data:
"A", "B", "C", "D"
/block0_values Dataset {3, 4}
Data:
0.3, 6.3, 12.3, 18.3, 2.3, 8.3, 14.3, 20.3, 4.3, 10.3, 16.3, 22.3
这里的HDF5文件中的日期时间表示,是以纳秒为单位的UNIX时间纪元的时间戳。这种存储格式保存了数据帧的两个轴和所有的块[20],它采用的轴编号0
和1
与编程API所用的NumPy轴编号相反[21]。这里的df3
存储只有一个块,这个块的items
的内容同于axis0
。下面查看df
存储的情况,它的四个纵列被整合(consolidate
)为三个块,其items
的并集同于axis0
:
$ h5ls -r dftest.h5/df
/axis0 Dataset {4}
/axis1 Dataset {12}
/block0_items Dataset {1}
/block0_values Dataset {12, 1}
/block1_items Dataset {2}
/block1_values Dataset {12, 2}
/block2_items Dataset {1}
/block2_values Dataset {1/Inf}
保存HDF5文件还可采用'table'
(表格)格式,HDF5文件中这种存储格式的群组,可以直接在其上进行查询和过滤:
>>> df3.to_hdf('dftest.h5', key='df3t', format='table', mode='a')
>>>
>>> pd.read_hdf('dftest.h5', key='df3t', where='index > 20230101', columns=[('value', 'A'), ('value', 'C')])
value
place A C
date
2023-01-02 2.3 14.3
2023-01-03 4.3 16.3
查看HDF5文件中的这种存储格式:
$ h5ls dftest.h5/df3t
_i_table Group
table Dataset {3/Inf}
$ h5ls -r -d dftest.h5/df3t/table
df4/table Dataset {3/Inf}
Data:
{1672531200000000000, [0.3,6.3,12.3,18.3]},
{1672617600000000000, [2.3,8.3,14.3,20.3]},
{1672704000000000000, [4.3,10.3,16.3,22.3]}
这里的_i_table/index
群组存储了PyTables的tables.index
模块所存取的诸多内容[22]。
netCDF文件操作
导出和导入netCDF文件可以借助xarray
,它依赖于pandas,它通过netcdf4-python支持导入导出netCDF-4格式数据[23],通过SciPy支持其他版本netCDF格式。xarray
能够在自身的数据阵列(DataArray
)与pandas的序列之间,在自身的数据集(Dataset
)与pandas的数据帧之间,进行相互转换[24]:
>>> import xarray as xr
>>>
>>> df2.to_xarray()
<xarray.Dataset> Size: 152B
Dimensions: (date: 3, place: 4)
Coordinates:
* date (date) datetime64[ns] 24B 2023-01-01 2023-01-02 2023-01-03
* place (place) object 32B 'A' 'B' 'C' 'D'
Data variables:
value (date, place) float64 96B 0.3 6.3 12.3 18.3 ... 4.3 10.3 16.3 22.3
>>>
>>> df3.to_xarray()
<xarray.Dataset> Size: 120B
Dimensions: (date: 3)
Coordinates:
* date (date) datetime64[ns] 24B 2023-01-01 2023-01-02 2023-01-03
Data variables:
('value', 'A') (date) float64 24B 0.3 2.3 4.3
('value', 'B') (date) float64 24B 6.3 8.3 10.3
('value', 'C') (date) float64 24B 12.3 14.3 16.3
('value', 'D') (date) float64 24B 18.3 20.3 22.3
>>>
>>> df2.to_xarray().to_netcdf('dftest.nc')
>>>
>>> df4 = xr.open_dataset('dftest.nc').to_dataframe()
>>> df4.shape
(12, 1)
这里的从堆叠格式的数据帧df2
转换出来的数据集可以导出至netCDF文件,而从记录格式的数据帧df3
转换出来的数据集因变量名字而不能直接导出至netCDF文件。
使用netcdf-bin
工具组成员ncdump
来查看导出的netCDF文件:
$ ncdump dftest.nc
netcdf dftest {
dimensions:
date = 3 ;
place = 4 ;
variables:
double value(date, place) ;
value:_FillValue = NaN ;
int64 date(date) ;
date:units = "days since 2023-01-01 00:00:00" ;
date:calendar = "proleptic_gregorian" ;
string place(place) ;
data:
value =
0.3, 6.3, 12.3, 18.3,
2.3, 8.3, 14.3, 20.3,
4.3, 10.3, 16.3, 22.3 ;
date = 0, 1, 2 ;
place = "A", "B", "C", "D" ;
}
$ ncdump -k dftest.nc
netCDF-4
$ h5ls -r -d dftest.nc
/ Group
/date Dataset {3}
Data:
0, 1, 2
/place Dataset {4}
Data:
"A", "B", "C", "D"
/value Dataset {3, 4}
Data:
0.3, 6.3, 12.3, 18.3, 2.3, 8.3, 14.3, 20.3, 4.3, 10.3, 16.3, 22.3
这里的日期时间表示遵循了气候和预报元数据约定[25],采用的时间单位为距离某个指定的开始日期时间的日数,历法为前推格里高利历。ncdump
的输出所称谓的变量,代表相同类型的值的多维阵列。这里有三个变量:value
是数据变量,date
和place
是坐标变量。变量声明指定了变量的数据类型、名字和以维度名字列表描述的形状,例如double value(date, place)
,维度名字可以是x, y, z, t
等等,而这里的维度名字同于对应的坐标变量名字。
SQL关系数据库操作
下面通过SQLAlchemy将数据帧导出和导入于SQL关系数据库SQLite:
>>> from sqlalchemy import create_engine
>>> engine = create_engine("sqlite:///dftest.db")
>>>
>>> df2.to_sql(name='df2', con=engine)
12
>>>
>>> with engine.connect() as conn:
... df4 = pd.read_sql('SELECT * FROM df2', conn)
...
>>>
>>> df4.shape
(12, 3)
>>> df4['date'] = pd.to_datetime(df4['date'])
>>> df4 = df4.set_index(['date', 'place'])
>>> df4.shape
(12, 1)
使用SQLite的命令行界面来查看导出的数据库文件:
$ echo '.tables' | sqlite3 dftest.db
df2
$ echo '.schema df2' | sqlite3 dftest.db
CREATE TABLE df2 (
date DATETIME,
place TEXT,
value FLOAT
);
CREATE INDEX ix_df2_date ON df2 (date);
CREATE INDEX ix_df2_place ON df2 (place);
$ echo 'SELECT * FROM df2' | sqlite3 dftest.db
2023-01-01 00:00:00.000000|A|0.3
2023-01-01 00:00:00.000000|B|6.3
2023-01-01 00:00:00.000000|C|12.3
2023-01-01 00:00:00.000000|D|18.3
2023-01-02 00:00:00.000000|A|2.3
2023-01-02 00:00:00.000000|B|8.3
2023-01-02 00:00:00.000000|C|14.3
2023-01-02 00:00:00.000000|D|20.3
2023-01-03 00:00:00.000000|A|4.3
2023-01-03 00:00:00.000000|B|10.3
2023-01-03 00:00:00.000000|C|16.3
2023-01-03 00:00:00.000000|D|22.3
SQLite将SQL的数据类型DATETIME
硬性指定为亲和NUMERIC
,而NUMERIC
可以按其适合情况转换为五个存储类别(NULL
、INTEGER
、REAL
、TEXT
或BLOB
)之一,这里的数据帧df2
的date
纵列中的数据,被转换成为INTEGER
、REAL
和TEXT
三者中的TEXT
即文本字符串。
参见
引用
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- ^ License – Package overview – pandas 1.0.0 documentation. pandas. 28 January 2020 [30 January 2020]. (原始内容存档于2012-02-14).
- ^ Wes McKinney. pandas: a Foundational Python Library for Data Analysis and Statistics (PDF). 2011 [2 August 2018]. (原始内容存档 (PDF)于2015-05-13).
The library’s name derives from panel data, a common term for multidimensional data sets encountered in statistics and econometrics.
- ^ McKinney, Wes. Python for Data Analysis, Second Edition. O'Reilly Media. 2017: 13. ISBN 9781491957660.
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- ^ Source code for tables.index. [2023-12-25]. (原始内容存档于2023-12-25).
- ^ netcdf4-python: Python/numpy interface to the netCDF C library. [2023-10-07]. (原始内容存档于2023-10-12).
- ^ xarray User Guide - Working with pandas. [2022-09-04]. (原始内容存档于2022-09-04).
- ^ NetCDF Climate and Forecast (CF) Metadata Conventions — Time Coordinate. [2023-10-09]. (原始内容存档于2023-10-12).
xarray User Guide — Weather and climate data. [2023-10-09]. (原始内容存档于2023-10-12).
延伸阅读
- McKinney, Wes. Python for Data Analysis: Data Wrangling with pandas, NumPy, and Jupyter 3rd Edition. O'Reilly. 2022 [2023-10-06]. ISBN 978-1-0981-0403-0. (原始内容存档于2023-10-07).
- Chen, Daniel Y. Pandas for Everyone : Python Data Analysis 2nd Edition. Addison-Wesley. 2022 [2023-10-06]. ISBN 978-0-1378-9105-4. (原始内容存档于2023-10-07).
- Molin, Stefanie. Hands-On Data Analysis with Pandas: Efficiently perform data collection, wrangling, analysis, and visualization using Python. Packt. 2019 [2023-10-06]. ISBN 978-1-7896-1532-6. (原始内容存档于2023-10-07).
- VanderPlas, Jake. Python Data Science Handbook: Essential Tools for Working with Data. O'Reilly. 2016 [2023-10-06]. ISBN 978-1-4919-1205-8. (原始内容存档于2023-10-08).
外部链接
- Pathak, Chankey. Pandas Cookbook. 2018 [2023-10-06]. (原始内容存档于2023-10-07).