安徽巡撫衙門，於清代康熙元年（1662年）以操江军务（所部十二营）归并两江总督，专设安徽巡抚，裁撤操江巡抚。安徽巡抚驻地在安庆府（今安徽省安慶市）。康熙六年（1667年），江南分省后，安徽巡抚与安徽布政使司辖区一致，安徽省亦在此后成型。乾隆时，亦或以安徽巡抚驻地称安庆省^[1]。

衙门驻地最初在安庆府^[1]。咸豐三年（1853年），因太平軍攻佔安慶，省會遷到廬州（今安徽省合肥市），巡撫衙門隨遷。同治元年（1862年），巡撫衙門遷回安慶，直到清末。

無固定的機構設置，也不設官員。

衙門內一切保管及辦理文牘等事務，皆聘用書吏、承差辦理，有時也調用侯補佐雜官員及武辯臨時充任。據《清會典》記載，巡撫衙門內有書吏人員30名。這種情形直到清末。

光緒33年（1907年）七月，巡撫馮煦奏准在巡撫衙門內設幕職，佐理文牘，分科治事。具體設置為：秘書1人，助理秘書2人，參事7人，各科精簡者則1人兼兩科，其繁者酌設助理1人。繕寫文牘，稽核卷宗諸事，另設書記員若干人。還設有一個會議廳，按日分級會見各級官吏，商議重要政務。

宣統元年（1909年），巡撫朱家寶在巡撫衙門內設憲政考核處，處下設編制、審核兩科，選派文案委員中諳習法政各員兼司核辦。宣統二年（1910年），憲政考核處改名為憲政籌備處。

清末，屬巡撫直接管轄的機構有安徽督練公所和安徽憲政調查局。

光緒30年（1904年）八月，清廷令各省設立督練公所。光緒31年（1905年），巡撫誠勳在衙署中增設安徽督練公所。光緒33年（1907年）十一月，巡撫馮煦奏請暫裁督練公所，改為督辦處。光緒34年（1908年）七月，又奏請規復，嗣由護理巡撫沈曾植奏明，復設督練公所。

安徽督練公所負責管理全省新舊各軍及籌備糧餉、編練隊伍一切事宜，以及與軍隊有關的學堂局所等其他有直接或間接關係的各項事務。督練公所設督辦1人，由巡撫兼任；總參議2人，分別由布政使和按察使擔任；副參議1至2人，一般由補用道充任。

督練公所內分3處8科，其具體設置及職掌是：

• 兵備處：負責考核章制，既各營功過賞罰，籌備糧餉，軍械醫務等事略。下設搜討科，分管考核章制等事；執法科，分管功過賞罰等事，附屬憲兵學堂；經理科，分管籌運糧餉、軍械醫務等事，附屬籌餉局、軍械局、火藥局、製造局、官電局、德律風各處及醫院。
• 參謀處：負責調查策劃，並考查中外輿圖形勝等事略。下設運籌科，分管調度策劃等事；檢閱科，分管檢閱各軍利弊得失等事，附實地觀戰及考查中外輿圖形勝；測繪科，分管測繪中外輿圖形勝等事。
• 教練處：負責考查訓練兵隊，及審訂學堂課程事略。下設訓練科，分管審訂學堂課程等事，附監察要塞；教育科，分管審訂學堂課程等事，附陸軍各學堂及本處將校研究所。

以上3處，每處設總辦1人，稟承督辦之命，辦理該處事務；設幫辦1人，稟承總辦之命，協助總辦管理該處事務。3處下設有8科，每科設提調1人，管理本科工作。另設有正副文案、收發、核對、收支、差遣、清書等人，其人員數額視事務繁簡酌定。

光緒34年（1908年）三月開設，是專門辦理清廷憲政編查館應行調查的一切事件的機構，歸安徽巡撫主管。憲政調查局設總辦1人，綜理局務，由巡撫選派。政憲調查局的內部機構設置及職掌是：

• 法制科（下設3股）：第一股，掌調查全省一切民情、風俗，並所屬地方紳士辦事，以及民事、商事、訴訟事的各種習慣；第二股，掌調查本省巡撫許可權內的各項單行法及行政規章；第三股，掌調查本省行政之上沿習及其利弊。
• 統計科（下設3股）：第一股，掌屬於外交、民政、財政之統計；第二股，掌屬教育、軍政、司法之統計；第三股，掌屬實業、交通之統計。

以上2科 ，每科設科長1人，各股設管股委員1至3人，另設書記員若干人。

• 庶務處：掌一切雜務，由總辦選派委員2人辦理。

憲政調查局調查所得材料，按類編訂，呈由巡撫諮送憲政編查館。其統計事項，分送各主管部院。

宣統三年(1911年)，撤憲政調查局，所有事宜，轉交巡撫衙門辦理。

順治元年（1644年），設置鳳廬巡撫，駐淮安府，领淮安、扬州及凤阳、庐州4府及徐州；以操江巡撫防护长江中下游地方兼巡抚徽、宁、池、太、广地方事。順治六年裁，順治十六年複設，後改鳳陽巡撫。順治十八年，設安徽操江巡撫。康熙元年(1662年)，撤銷操江，所屬12營改隸兩江總督，始設安徽巡撫，駐安慶。康熙四年裁鳳陽巡撫，所屬廬州、鳳陽2個府，滁、和2個州歸併安徽巡撫管理。至此，安徽巡撫負責安徽全境巡撫事宜。

康熙时，安徽巡抚一职的全称是巡抚安、徽、宁、池、太、庐、凤、滁、和、广等处地方，提督军务^[1]。為從二品官（加兵部侍郎銜者為正二品官），按例兼都察院右副御史，是全省地方政務的最高長官。巡撫負責考察全省地方官吏，掌管全省關稅、漕政等，若有用兵，則督理糧餉。每次鄉試，按例由巡撫督試，武科則由巡撫主考。巡撫轄有直隸軍營，名為「撫標」。嘉慶八年（1803年），安徽巡撫加提督銜，可管轄全省軍隊。

宣統三年(1911年)，武昌起义爆发，安徽省从清廷独立，安徽省軍政府成立後，安徽巡撫被廢除。

安庐池太巡撫

• 刘应宾 1645年—1646年
• 李棲凤 1646年—1646年
• 王懩 1647年—1646年
• 刘宏遇 1648年—1649年裁撤

操江巡抚改安徽巡撫

• 宜永贵 1661年—1646年
• 張朝珍 1661年—1667年，凤阳巡抚合并到安徽巡抚