病毒分類表
本頁面列出了病毒的分類,包含病毒以及類病毒、普利昂蛋白、衛星病毒等亞病毒因子。
生物分類表 |
由於病毒並不像其他生物能藉由交配產生後代,因此在種別的定義上與一般生物有所不同。
概論
ICTV 分類法
國際病毒分類委員會(英文:International Committee on Taxonomy of Viruses,簡稱 ICTV)是國際微生物學聯合會(英文:International Union of microgical Societies)發展、改進和維護通用病毒分類的唯一機構,在1966年建立起了一個病毒分類的通用系統和統一的命名法則。第七屆 ICTV 會議首次規範化了病毒物種的概念,即病毒分類的分支層次中的最低分類單元[1]。分類的主要依據是病毒顆粒的特性、抗原特性與生物特性。
到目前為止只有一小部分的病毒得到了研究,從來自人體的病毒樣品中發現有20%的序列是未曾發現過的,而來自環境中(如海水、大洋沉積物等)的病毒樣品則大部分的序列都是全新的[2]。
病毒分類從域開始,結構如下,分類後綴在括號中:[3]
- 域 Realm(-viria)
物種名稱通常以[疾病]病毒的形式出現,尤其是高等動植物。 ICTV 2023版分類表中總共有6個域、10個界、18個門、2個亞門、41個綱、81個目、11個亞目、314個科、200個亞科、3522個屬、84個亞屬與14690個種。除亞域、亞界和亞綱外,其他級別的分類單元都被使用。共有6個域、1個地位未定綱、22個地位未定科及2個地位未定屬被承認[4]。
巴爾的摩分類法
諾貝爾獎獲得者生物學家戴維·巴爾的摩在1970年代提出了巴爾的摩分類系統[5]。巴爾的摩分類法與ICTV分類法一起用於現代病毒的分類[6][7][8]。
巴爾的摩分類法是基於病毒 mRNA 的生成機制。在從病毒基因組到蛋白質的過程中,必須要生成mRNA來完成蛋白質合成和基因組的複製,但每一個病毒家族都採用不同的機制來完成這一過程。病毒基因組可以是單鏈或雙鏈的 RNA 或 DNA,可以有也可以沒有反轉錄酶。而且,單鏈RNA病毒可以是正義(+)或反義(-)。這一分類法將病毒分為7類:
- 第一類是雙鏈 DNA 病毒(如腺病毒、疱疹病毒、痘病毒)
- 第二類是單鏈 DNA 病毒(+)DNA(如小 DNA 病毒)
- 第三類是雙鏈RNA病毒(如呼腸孤病毒)
- 第四類是(+)單鏈RNA病毒(如微小核糖核酸病毒、披蓋病毒)
- 第五類是(-)單鏈RNA病毒(如正黏液病毒、炮彈病毒)
- 第六類是單鏈RNA反轉錄病毒(如反轉錄病毒)
- 第七類是雙鏈 DNA 反轉錄病毒(如肝病毒)
舉一個病毒分類的例子:水痘病毒,即帶狀疱疹病毒,屬於疱疹病毒目,疱疹病毒科,甲型疱疹病毒亞科,水疱病毒屬;同時,帶狀疱疹病毒是巴爾的摩分類法中的第一類,因為它是雙鏈 DNA 病毒,且不含有反轉錄酶。
ICTV 2020版病毒分類表
此套分類系統與細胞生物分類系統有許多共同特徵,如分類單元結構,但也存在一些差異,比如所有分類名稱都使用斜體,這與國際藻類、真菌和植物命名法及國際動物命名法不同。
A型DNA病毒域 Adnaviria
- 齊利希病毒界 Zilligvirae 1門
雙鏈去氧核糖核酸病毒域 Duplodnaviria
- 香港病毒界 Heunggongvirae 2門
- 衣殼病毒門 Peploviricota 1綱
- 尾噬菌體門 Uroviricota 1綱
- 有尾噬菌體綱 Caudoviricetes 1目
- 有尾噬菌體目 Caudovirales 14科、1屬
- 埃凱曼病毒科 Ackermannviridae 2亞科、7屬
- 自複製短尾噬菌體科 Autographiviridae 9亞科、70屬
- 蔡斯噬菌體科 Chaseviridae 2亞科
- 德默萊茲噬菌體科 Demerecviridae 3亞科、4屬
- 德雷克斯勒噬菌體科 Drexlerviridae 4亞科、9屬
- 格蘭噬菌體科 Guelinviridae 1亞科、2屬
- 代列爾噬菌體科 Herelleviridae 5亞科、7屬、1種
- 肌尾噬菌體科 Myoviridae 5亞科、153屬
- 短尾噬菌體科 Podoviridae 3亞科、44屬、1種
- 朗特里噬菌體科 Rountreeviridae 2亞科、2屬
- 薩拉瑪噬菌體科 Salasmaviridae 3亞科、4屬
- 斯基托噬菌體科 Schitoviridae 8亞科、14屬
- 長尾噬菌體科 Siphoviridae 22亞科、299屬
- 佐貝爾噬菌體科 Zobellviridae 1亞科、6屬
- 百合病毒屬 Lilyvirus 1種
- 有尾噬菌體目 Caudovirales 14科、1屬
- 有尾噬菌體綱 Caudoviricetes 1目
單鏈去氧核糖核酸病毒域 Monodnaviria
包含4界
- 洛布病毒界 Loebvirae 1門
- 桑格病毒界 Sangervirae 1門
- 稱徳病毒界 Shotokuvirae 2門
- 科薩特病毒門 Cossaviricota 3綱
- 單環編碼病毒門 Cressdnaviricota 2綱:編碼複製相關蛋白的環狀單鏈 DNA 病毒(Circular replication-associated protein-encoding single-stranded DNA viruses,CRESS DNA viruses)
- 精氨酸指針病毒綱 Arfiviricetes 5目
- 硅藻病毒目 Baphyvirales 1科
- 硅藻 DNA 病毒科 Bacilladnaviridae 3屬
- 圓環病毒目 Cirlivirales 1科
- 圓環病毒科 Circoviridae 2屬
- CRESS亞基因組目 Cremevirales 1科
- 小環狀 DNA 病毒科 Smacoviridae 12屬
- 多基因病毒目 Mulpavirales 2科
- 圓形 CRESS 病毒目 Recrevirales 1科
- 圓形病毒科 Redondoviridae 1屬
- 硅藻病毒目 Baphyvirales 1科
- Rep 單鏈編碼病毒綱 Repensiviricetes 1目
- 精氨酸指針病毒綱 Arfiviricetes 5目
- 特拉帕尼病毒界 Trapavirae 1門
核糖病毒域 Riboviria
包含2界、2科、4屬
- 正 RNA 病毒界 Orthornavirae 5門、2科、1屬
- 雙鏈 RNA 病毒門 Duplornaviricota 3綱
- 黃色病毒門 Kitrinoviricota 4綱
- 光滑裸露病毒門 Lenarviricota 4綱
- 二十病毒綱 Amabiliviricetes 1目
- 元素病毒目 Wolframvirales 1科
- 裸露 RNA 病毒科 Narnaviridae 1屬
- 元素病毒目 Wolframvirales 1科
- 豪厄爾鎮病毒綱 Howeltoviricetes 1目
- 板栗疫病真菌病毒菌目 Cryppavirales 1科
- 粒線體病毒科 Mitoviridae 1屬
- 板栗疫病真菌病毒菌目 Cryppavirales 1科
- 光滑病毒綱 Leviviricetes 2目、9屬
- 密病毒綱 Miaviricetes 1目
- 二十病毒綱 Amabiliviricetes 1目
- 負核糖病毒門 Negarnaviricota 2亞門
- 簡單病毒亞門 Haploviricotina 4綱
- 複雜病毒亞門 Polyploviricotina 2綱
- 小 RNA 病毒超群門 Pisuviricota 3綱
- 雙鏈-小雙節 RNA 病毒綱 Duplopiviricetes 1目
- 小南嵌套病毒綱 Pisoniviricetes 3目
- 網巢病毒目 Nidovirales(嵌套病毒目)8亞目
- 深海病毒亞目 Abnidovirineae 1科
- 深海病毒科 Abyssoviridae 1亞科
- 亞目 Arnidovirineae 4科
- 動脈炎病毒科 Arteriviridae 6亞科
- 科 Cremegaviridae 1亞科
- 科 Gresnaviridae 1亞科
- 科 Olifoviridae 1亞科
- 冠狀病毒亞目 Cornidovirineae 1科
- 冠狀病毒科 Coronaviridae 2亞科
- 海洋病毒亞目 Mesnidovirineae 2科
- 科 Medioniviridae 2亞科
- 中等嵌套病毒科 Mesoniviridae 1亞科
- 亞目 Monidovirineae 1科
- 科 Mononiviridae 1亞科
- 亞目 Nanidovirineae 2科
- 科 Nanghoshaviridae 1亞科
- 科 Nanhypoviridae 1亞科
- 桿狀網巢病毒亞目 Ronidovirineae 2科
- 亞目 Tornidovirineae 1科
- 科 Tobaniviridae 4亞科
- 深海病毒亞目 Abnidovirineae 1科
- 微小核糖核酸病毒目 Picornavirales 8科
- 杯狀病毒科 Caliciviridae 11屬
- 雙順反子病毒科 Dicistroviridae 3屬
- 傳染性軟腐病病毒科 Iflaviridae 1屬
- 海洋 RNA 病毒科 Marnaviridae 7屬
- 小核糖核酸病毒科 Picornaviridae 68屬
- 多順反子類小 RNA 病毒科 Polycipiviridae 3屬
- 伴生豇豆病毒科 Secoviridae 1亞科、5屬、1種
- 紅火蟻病毒科 Solinviviridae 2屬
- 南方菜豆花葉病病毒目 Sobelivirales 3科
- 囊孢蟲RNA病毒科 Alvernaviridae 1屬
- 杯狀 RNA 病毒科 Barnaviridae 1屬
- 南方菜豆花葉一品紅病毒科 Solemoviridae 4屬、7種
- 網巢病毒目 Nidovirales(嵌套病毒目)8亞目
- 星狀-馬鈴薯病毒綱 Stelpaviricetes 2目
- 雙 RNA 病毒科 Birnaviridae 7屬
- 複製酶置換四體病毒科 Permutotetraviridae 1屬
- 葡萄孢菌病毒屬 Botybirnavirus 1種
- 副RNA病毒界 Pararnavirae 1門
- 多真菌病毒科 Polymycoviridae 1屬
- 小節肢動物病毒科 Sarthroviridae 1屬
- 菸草壞死衛星病毒屬 Albetovirus 3種
- 綠蘿衛星病毒屬 Aumaivirus 1種
- 黍花葉衛星病毒屬 Papanivirus 1種
- 菸草花葉衛星病毒屬 Virtovirus 1種
核酶病毒域 Ribozyviria
- 三角病毒科 Kolmioviridae 8屬
多變去氧核糖核酸病毒域 Varidnaviria
包含2界
- 班福病毒界 Bamfordvirae 2門
- 海爾維蒂病毒界 Helvetiavirae(瑞士病毒)1門
地位未定種類
地位未定綱:
- 納爾達病毒綱 Naldaviricetes 1目、1科
地位未定科:
- 阿爾法衛星病毒科 Alphasatellitidae 3亞科
- 瓶狀病毒科 Ampullaviridae 1屬
- 指環病毒科 Anelloviridae 31屬
- 鱷梨日斑類病毒科 Avsunviroidae 3屬
- 雙尾病毒科 Bicaudaviridae 1屬
- 棒狀病毒科 Clavaviridae 1屬
- 芬蘭湖病毒科 Finnlakeviridae 1屬
- 微小紡錘形噬菌體科 Fuselloviridae 2屬
- 球狀病毒科 Globuloviridae 1屬
- 滴狀病毒科 Guttaviridae 2屬
- 嗜鹽紡錘形噬菌體科 Halspiviridae 1屬
- 卵形病毒科 Ovaliviridae 1屬
- 芽生噬菌體科 Plasmaviridae 1屬
- 多去氧核糖核酸病毒科 Polydnaviridae 2屬
- 帶球病毒科 Portogloboviridae 1屬
- 馬鈴薯紡錘形塊莖類病毒科 Pospiviroidae 5屬
- 嗜熱圈形病毒科 Spiraviridae 1屬
- 奇古菌紡錘形噬菌體科 Thaspiviridae 1屬
- 番茄曲葉衛星病毒科 Tolecusatellitidae 2屬
地位未定屬:
- 溝鞭藻 DNA 病毒屬 Dinodnavirus 1種
- 壺菌病毒屬 Rhizidiovirus 1種
亞病毒因子(Subviral Agents)
衛星(Satellites)
- 衛星病毒 Satellite virus
- 單鏈核糖核酸衛星病毒 Single-stranded RNA satellite virus
- 雙鏈 DNA 衛星病毒 Double-stranded DNA satellite virus
- 未定屬
- Satellite nucleic acid
- Single-stranded satellite DNA
- Double-stranded satellite RNA
- Single-stranded satellite RNA
- RNA satellite
- 未定屬
類病毒(Viroids)
- Pospiviroidae
- Pospiviroid
- Hostuviroid
- Cocadviroid
- Apscaviroid
- Coleviroid
- 未定屬
- Avsunviroidae
- Avsunviroid
- Pelamoviroid
- Elaviroid
- 未定科
朊毒體(Prions)
- Mammal-prion
- Fungi-prion
干擾缺損病毒(Defective Interfering)
- 缺損干擾 RNA Defective Interfering RNA
- Defective interfering particle
參考文獻
- ^ Fields p. 27
- As defined therein, "a virus species is a polythetic class of viruses that constitute a replicating lineage and occupy a particular ecological niche". A「polythetic" class is one whose members have several properties in common, although they do not necessarily all share a single common defining one. Members of a virus species are defined collectively by a consensus group of properties. Virus species thus differ from the higher viral taxa, which are「universal」classes and as such are defined by properties that are necessary for membership.
- ^ Delwart, E.L. Viral metagenomics. Rev. Med. Virol.. 2007, 17 (2): 115–131. PMID 17295196. doi:10.1002/rmv.532.
- ^ ICTV Code. talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. [2020-04-26]. (原始內容存檔於2018-07-12).
- ^ Virus Taxonomy: 2020 Release. talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. [2020-04-26]. (原始內容存檔於2020-03-20).
- ^ Baltimore, D. The strategy of RNA viruses. Harvey Lect.. 1974,. 70 Series: 57–74. PMID 4377923.
- ^ van Regenmortel, M.H.; Mahy, B.W. Emerging issues in virus taxonomy. Emerging Infect. Dis.. 2004, 10 (1): 8–13. PMID 15078590.
- ^ Mayo, M.A. Developments in plant virus taxonomy since the publication of the 6th ICTV Report. International Committee on Taxonomy of Viruses. Arch. Virol.. 1999, 144 (8): 1659–1666. PMID 10486120. doi:10.1007/s007050050620.
- ^ de Villiers, E.M.; Fauquet, C.; Broker, T.R.; Bernard, H.U. & zur Hausen, H. Classification of papillomaviruses. Virology. 2004, 324 (1): 17–27. PMID 15183049. doi:10.1016/j.virol.2004.03.033.
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